药王庙会是由药王庙香火会演变而来的，自有文字记载的南宋咸淳年间（公元1270年）始，庙会已传承了七百多年。明初，社会逐渐安定，医药学相应发展。药王庙声望日隆，始有“药不经祁州无药味”之说。药材交易规模日渐增大。据明万历年间（1573-1619年）药王庙内碑文记载，每年（清明节或寒食节）举办一次药材庙会，清雍正年间（1723-1736年）已是“年年两会”（清明节和寒食节）。
清中叶，安国药市逐渐形成由全国各地药商组成的“十三帮”及“五大会”。同时，建立了招待客商、管理市场的“安客堂”，经营体系和管理体系形成了一套比较完整的市场。由于药王庙庙会的兴盛，使安国成为我国北方最大的药材交流中心，被誉为“药都”和“天下第一药市”。
药王庙庙会有“春五秋七”之说，即春庙五个月，秋庙七个月，经年不断。春庙的正期是农历四月二十八日，传说为药王生日，所以成为春庙最盛的一天。冬庙则以农历十月十五日为正期，传说这天为药王祭日，盛况与春庙正日相同。自明清至民国，庙会由“十三帮”轮流操办，每帮三天。每月初一、十五都要临庙祭祀。
药王庙庙会有其独特的酬神形式和参拜礼仪。酬神有演戏、抬大供、献鼎、树伞、塑金身、挂匾、献袍、捐香火地、劳役等多种形式。礼仪则分为三拜九叩和四叩礼等数种，另供面食，三牲祭品。庙会期间还有丰富多彩的游艺活动。在进行药材交易的同时，还举办规模宏大的各种文艺表演和民俗文化活动，每年正月十五，都有多达四万余人的医药界人士和广大民众参与药王庙祭祀。
改革开放以来，安国药业得到了迅速恢复和发展，药王庙在全国医药界人士和广大民众的捐助下，于1985年重修，传统的庙会文化活动也随之恢复，并日益活跃发展。参与庙会的人员，除周边地区的各界人士和善男信女外，还有全国各地及东南亚、日本、朝鲜、俄罗斯等邻国药商。
安国药王庙会及药市历史悠久，影响广泛，在中医药发展史上占有重要地位。它不仅是安国药业的发源地，也直接孕育了一个全国最大的药材集散地—安国药市，在促进全国医药交流，弘扬中华医药文化方面发挥了重要作用。安国药市还具有较强的人文精神。药王庙庙会作为社会运行机制中的经济载体、文化载体，承纳了浩瀚如烟的民间文化，凝聚了当地人民和广大药商的思想感情、理想愿望、道德风尚和审美趣味。
中医药文化是我国民族文化的精粹之一，药王庙庙会植根于中医药文化，并融合了当地民间文化以及各地习俗，形成了集祭祀、娱乐、贸易于一体的独特形式，具有极强的生命力，对于研究民俗风情、传统礼仪意义重大。