九十九泉位于卓资县境内，高踞于阴山之巅。阴山峰峦叠嶂，峥嵘雄峻，蜿蜒于内蒙古中部。它横贯东西，北连茫无边际的科布尔草原，南临奔腾万里的滔滔黄河。九十九泉“草木茂盛多禽兽”，自古就是北方游牧民族的天然苑囿。传说这里曾是女娲造人的地方。被称为九十九泉的九十九个湖泊，就是女娲当年挖土捏人留下的土坑。这九十九泉位于阴山之巅，恰似山顶上错落有致的九十九个天池，无比神秘，无比清凉，成了一些君王的避暑胜地。
相传，来这里观光避暑的第一位皇帝就是北魏的开国皇帝拓跋珪。他是拓跋鲜卑部一个年轻有为的君王，出生在今凉城县岱海（古之参合陂）北岸，称代王，建都于今和林格尔县土城子，（古之定襄盛乐）。同年四月，改称魏王。称王这年他只有１６岁。然而就是这样一个乳臭未干的少年，却胸怀大志，趁前秦覆灭、北方混乱之机，在贤臣们的辅佐下收集旧部，横刀立马纵横沙场，征战于阴山南北，殪刘显，屠卫展，平慕容，定中厦，经过十几年的征战，终于统一了广大的北方地区，于公元３９６年在定襄盛乐建天子号，３９８年迁都平城（今大同市），遂称皇帝，建立北魏政权。
公元４０６年农历八月，拓跋珪从平城出发北巡，行幸豺山宫，遂至青牛山，然后西登武要北原，饱览了九十九泉的秀美风光。临走时，他还颁旨让部下在这里建造石亭一座，亭内立碑，铭名“九十九泉”。
九十九泉接待过北方民族好几个朝代的君王，其中有元太宗窝阔台。他是一代天骄成吉思汗的第三个儿子，跟随成吉思汗伐金朝，定西域，攻城掠地战功显赫。公元１２２７年，成吉思汗在西征途中驾崩，传位于他。窝阔台即位之时，正是向金国大举用兵之际。据《元史》记载：公元１２３１年夏，窝阔台避暑于九十九泉，命拖雷出师宝鸡……由于窝阔台的大帐设在这里，九十九泉便成了军事指挥中心。窝阔台是个贤明的君主，他先礼后兵，曾派使臣窝楞其尔贝南下和谈，劝说金国投降。金国大将依拉布哈不但不讲和，还扣押了使臣，并利用偶然的一个机会攻破了庆阳重围，于是气焰更加嚣张，放回窝楞其尔贝，并让他带话给窝阔台：“我金朝兵马严阵以待，若有胆量，可前来决战”。窝阔台一听大怒，点起大军向金国挺进，一路上过关斩将，连克六十多处要塞，直捣凤翔府，迫使金国投降。因为九十九泉是指挥作战的中心，一道道旨令从这里发出，同时一份份捷报传到这里来，所以，它的名气也就更大了。