南京云锦因其锦纹瑰丽、宛若云霞得名。渊源自1580多年前的南朝东晋时期。元、明、清三代，云锦织品已经成为皇家专享的御用珍锦。其通经断纬、挖花盘织的手工织造技术，至今仍不可为现代机器所取代。1954年，为抢救濒临消亡的南京云锦，“云锦研究工作组”组建成立。1957年，江苏省政府批准建立“南京云锦研究所”，这是中国唯一一家集研究、生产、展示、销售于一体的云锦专业机构。经过50年的发展壮大，现有占地面积13982平方米，建筑面积16000平方米，职工200余人。2007年实现销售收入2000万元。
南京云锦研究所承袭了元、明、清三代官营织局的技艺精华，将云锦从皇家御用的龙袍凤衣、宫殿装饰发展为当代极尽臻美的衣饰新品。2006年6月，南京云锦木机妆花手工织造工艺入选首批国家级非物质文化遗产，现正向联合国教科文组织积极申报人类非物质文化遗产。
南京云锦研究所被授予南京市文化产业基地和南京白局传习基地，是国家文物局“古代丝绸文物复制研究试验基地”，也是“全国云锦产品标准化技术委员会”秘书处挂靠单位。2006年底，南京云锦研究所荣获商务部评定的首批“中华老字号”称号；2007年，“南京云锦”证明商标向国家工商总局商标局注册成功；同年被国际地理标志组织（OriGin）正式批准为第一批中国地理标志产品生产单位；2008年，企业品牌“吉祥”云锦荣获“中国驰名商标”。