相传，明宣德年间，五龙庙所在的村落是一个渔村，村民以渔业为生，因此信奉以龙滋民、以龙造福的说法。当时，村里的一个潭中被发现有五条龙在嬉水，当地村民为防五条龙逃走，而建造五龙庙镇龙，并把这个潭叫做五龙潭。自建庙起，民间约定俗成，每年农历八月十五日至二十日举行传统庙会，届时四面八方善男信女纷纷云集于此，念经、祈祷、烧香、点烛，进行民间祭祀，组织大型迎神活动，以保佑一方风调雨顺和家人平安。庙会期间，村民还请来各路戏班表演助兴，热闹非凡。此庙会活动绵延数百年，直至新中国解放。
五龙庙位于崧厦镇镇北前庄村（前庄、汤家埠、五龙庙三个自然村组成），庙前道地与村道南即是庙沥。每逢五龙庙会，崧厦镇周边的村民会不约而同聚集于五龙庙。广大善男信女来庙念经、烧香、点烛、祈祷，并将庙内主要神像——温大元帅请出殿外，供百姓朝拜；还有文艺演出活动。原传统演出分两部分，即庙内戏台和庙外搭台各自演出，剧目一般以绍剧、越剧等地方戏曲为主。演出按台次计算，费用一般由群众自行包场，按登记顺序依次进行。现考虑到观看人数较多和安全因素，庙内戏台一般不再进行演出，仅庙外搭台演出。
还举行文艺踩街活动，在辖区范围内所涉4个村主要道路行进：长度约10华里，主要队伍有民间吹打、腰鼓、铜管乐、舞龙、舞狮、木兰扇等。原踩街队伍前有一名谓“小班会”打前场，并伴“炮担会”（鸣炮开路），现行进队伍前多为镇村干部、公安、城管开道。庙会所用的器具是温大元帅塑像、铜管乐、香烛、灯笼、民间器乐、绸龙、彩狮、腰鼓、供台等。
历史上庙会主要由姜、王、金、陈、吕、范六姓族长主持，其中最大姓为姜，由姜氏老太爷为庙会最高统帅，一直沿延至解放前。1993年恢复庙会后，传承谱系为：王张潮（原主持者）；姜云芳（现主持者）；金炳康（后任接班人）。
1993年，五龙庙恢复对外开放，五龙庙会活动也得以继续。尤其自2000年五龙庙被命名为市级文物保护单位以后，庙会活动在弘扬民族文化方面得以新的传承和发展。自2000年起，庙会活动已形成每年一届的定式。2010年，是五龙庙会十周年庆典，在九月二十一日至二十九日，举行了十周年庆祝活动，组织民间祭祀和大型文艺踩街、文艺演出等活动。
2010年10月，被列入第四批绍兴市非物质文化遗产名录。